太魯閣號事故現場，仍有一具遺體卡在第六節車廂下方，3日晚間工班人員打算從南隧道口進入，帶著千斤頂，希望能挺進隧道內，設法把第六節車廂頂起來，希望早日移出罹難者遺體，而51名罹難者中，目前已經比對出47人的身分，花蓮地檢署也新增了齒模鑑定，要用各種方式來加速比對。
搜救任務還沒結束，因為仍有一名罹難者，遺體卡在第六節車廂下方，3日晚間清水隧道口現場，依舊燈火通明，怪手持續作業，人員也拿著切割器材修整鐵軌，希望趕緊讓軌道復原。
花蓮地檢署檢察長俞秀端：「我們知道大家都非常的焦急，尤其是家屬，所以一定是讓家屬他可以第一個時間點，最快的可以指認並且領回遺體。」
全體檢察官都在現場待命，也完成編組任務希望盡力協助，但事故現場搬運困難，加上軌道嚴重變形，檢察官坦言，要移出第六節車廂下的遺體，進度不如原先預期，51人罹難，已有47位遺體確認身分，其中經由家屬指認確定者有38位，另外也透過齒模鑑定來比對。
花蓮地檢署檢察長俞秀端：「我們除了做DNA鑑定以外，我們下午也透過了齒模鑑定，然後比對出一具遺體，他的真實的年籍資料那所有可以提早來完成這個，指認工作的比對工作的，我們都會想盡各種方法來嘗試。」
由於現場罹難者遺體不全，透過DNA鑑定避免家屬領錯遺體，但因為檢體數量龐大，檢方所採集的100多件檢體，分批送到台北法醫研究所，和刑事局鑑識中心，截至3日晚間九點，刑事局以指紋比對確認6名，DNA確認8名罹難者，各單位動起來，希望盡早比對出所有身分。
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