普悠瑪特檢到底查了什麼，根據追查，和這次事故有高度關聯的主風泵、ATP在內，零零總總共17項，不過結果出爐，台鐵稱一切正常，但不願公布數據，直送檢調，學者認為，特檢應該由第三方參與，才相對客觀。
剛執行完特檢的樹林調車場，罕見婉拒媒體拍攝，事故後台鐵被要求一週完成特檢。但這結果出爐，警覺心很高，沒發正式新聞稿或公告，僅用LINE群組告知，說18個編組完成了，保安設備、軔機、走行、集電等項目特檢；保養、維護，還有檢修都會持續落實，短短幾行字，難道就能給社會大眾，吃下定心丸嗎。
實際追查，鐵路機車車輛檢修規則，像這樣不定期的特檢，項目可多了，五大種得比照辦理，起訖點間、執行外部檢修、行車狀態、非編組內、指定路線或交換路線間的列車，這些都得細查。而實際上台鐵特檢做了什麼，機械部分檢查了走行、傳動、集電弓裝置；動力系統，也就是事故關鍵的主風泵；電氣部分，供電、韌機、調度，還有ATP，兩大類共17項。但查了再多沒落實監控，立委狠批根本徒勞無功。
立委黃國昌(時力)：「那個(ATP)遠端監視系統，事實上那個系統爛得不得了，實際上面在第一線工作的調度員，從那個系統裡面，根本沒有辦法獲取有用的資訊。」
直擊台鐵行控中心，2010年裝的遠端監視，黃國昌批形同虛設，再來這次特檢結果，直送檢調保密到家，學者也有聲音。
逢甲大學運輸與物流學系副教授李克聰：「必須要由第三方的機構來參與，我覺得這樣才會更客觀。」
檢修過程到結果數據，全出自台鐵之手。學者擔憂球員兼裁判，資料真實性有疑慮，恐讓調查增添難度。
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