每到夏季，小琉球遊客暴增，因此是否也要納入總量管制，也是討論焦點。根據統計，10年下來民宿量爆增10倍，已經超過300間，尤其到了連續假日，單日創下1萬5千人次，但緊接而來，卻也把垃圾帶進了小琉球，是否要進行總量管制，當地居民有人贊同，也有人說小琉球黃金商機只有夏季短短幾個月而已，一旦管控人數，擔心錢潮跟著下滑。
蔚藍海域下浮潛，欣賞海龜悠遊姿態，這些都是小琉球珍貴的生態，但是隨著夏季觀光熱潮到來，搭船遊客綿延好幾百公尺，夏天平常日每天有3到4千人次前往小琉球，到了假日或連續假期，人數增加到1萬到1萬5千人次，人潮湧進小琉球也跟著帶來髒亂，海底下變成了寶特瓶海；陸地上，隨意亂丟垃圾，堆成小山，浮潛海岸邊擠了滿滿的人，部分遊客認為降低了觀光品質。
有鑑於此，小琉球在地居民喊出遊客總量管制，延續生態也能兼顧旅遊品質，但對於靠觀光客賺錢的業者卻不贊同。
小琉球民宿業者：「一年就賺這半年，不能管制啦，你管制人數都不用賺錢了。」
小琉球民宿業者：「管制的相關配套要做好，因為畢竟只有夏天，我們遊客才會來。」
2008年小琉球民宿28間，但現在小島已經有超過300間了，暴增了10倍之多，一旦總量管制，相對代表錢潮可能減少，怎麼取捨，5月底小琉球在地居民及業者先討論評估。
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