台北地院一早先是傳出4袋選票沒有封口，之後又發現選舉人員名冊有領票人的印章出現爭議，而且北投、南港2個區居然驗票數跟領票數不同，出現短少的現象，這些爭議點，國親律師都已經提報法官，請法官裁定。
台北地院一早先是傳出4袋選票沒封口，之後的驗票過程，國親律師陸續又發現其他選務瑕疵，特別在選舉人員名冊的領票人印章有爭議。親民黨立委秦慧珠：「比如說在北投41投開票所，居然有4個印章是蓋反的，他是用這個沒有人姓名的這一端蓋上去，仍然把選票領走了，另外在北投109號投開票所，有3張是用私章反面，沒有姓名的那一頭，也可以把選票領走。」
除此之外，國親律師團還指出南港、北投2個區，領票數跟驗票張數居然不同。秦慧珠：「比如說在南港有個投票所差了10票，北投41投票所差了4票，這些部分都列入爭議選票，用補發身分證的比例非常高，甚至有一戶全家都是用補發的身分證去投票。」
國親律師團已經向法官提出這些選務瑕疵。而對於國民黨秘書長林豐正，說選務的缺失比想像中嚴重，民進黨也做出回應。民進黨副秘書長李應元：「對於林先生的看法不予茍同，不予茍同，33萬的無效票確實較多，理論上阿扁總統應該更多的票，但是新的認定標準比較嚴格，廢票也就多了一點。 民進黨副秘書長李應元：「對於林先生的看法不予茍同，不予茍同，33萬的無效票確實較多，理論上阿扁總統應該更多的票，但是新的認定標準比較嚴格，廢票也就多了一點。」
雖然藍綠陣營各有主張，爭議票認定，還得回歸高院裁定才算數。
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