台北市長馬英九決定讓蔡輝昇記過留任，這樣的決定引來不少批評，不過馬英九強調，懲罰要看罪的輕重，蔡輝昇被記大過已經是很重的處分了！只是馬英九處理首長的懲處案，幾乎有一定的模式，第一時間通常不會有人下台，就有議員說，這是馬英九一貫的政治性格。
蔡輝昇記大過留任，引來各界批評，不過馬英九覺得處分已經很重了。台北市長馬英九！「他在第一時間處理的時候，沒有處理好，才使整個事情風波擴大的主要原因，這個部份我們當然追究他的責任，否則的話，依照公務人員懲處的標準，記一個過、兩個過，應該是夠了，但是，我們覺得他因為在這些地方，確實是違背了我們大家對他的期待，所以我們才給他一大過的處分，一個公司的總經理，受到一大過的處分，這是相當重的處分了。」
懲處失職首長，馬英九始終有一套政治哲學，前台北市衛生局長邱淑媞，SARS期間，各界指責她防疫不利，要她下台，邱淑媞遞出辭呈，但馬英九並沒有立刻准辭。
前民政局長林正修在馬英九競選連任前，讓里長延選引發反彈，但馬英九沒有換人；現任副市長金溥聰之前擔任新處長時，府會關係不佳，被議員要求下台，馬英九卻力挺到底。只是這3人在經風暴過後，也都做了職務調整，這樣的模式，議員認為是馬式政治性格，馬英九不服氣。
事故調查，馬英九一向講求原則，不在乎輿論壓力，強調有才幹又願意幹的人不多，只是事過境遷後，這些爭議首長的職務，通常都會調整，蔡輝昇現在留任了，或許過一段時間還有變化。
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