為了防堵SARS自中國大陸傳染來台,行政院陸委會在4月1號及5月16號,分別宣佈暫停馬祖、金門與大陸客貨船的往來,隨著SARS疫情獲得控制,行政院陸委會表示,經評估後,自7月16號起全面恢復金馬小三通。