元旦升旗，台北市長馬英九今年同樣趕在總統府之前一個小時－清晨五點半，就在市政府前完成升旗儀式，隨後穿上招牌短褲，帶著民眾一起跑向總統府，繼續參加第二場升旗儀式。不過他既沒有跟連宋站在一起，也跟陳總統保持了一段距離。
天還沒亮，清晨五點半，台北市長馬英九帶領市民升旗，大聲唱國歌、國旗歌，成為台北地區最早升旗的地方。
新的一年，馬市長的新年新希望，完全是市政建設。台北市長馬英九：「我會對我們相關的首長，還有同仁加強必要的考核，讓大家能夠抖擻精神，在未來的三年之內，把我們預定的市政建設目標完成。」
鳴槍起跑，馬英九沿著仁愛路一路跑向總統府，參加第二場升旗，雖然連宋兩位黨主席是接受他的建議，今年會到總統府前升旗；不過馬英九卻沒有跟藍軍靠攏，而是照往例站在總統府規劃的位置，當他一發現旁邊安排的全是民進黨一級主管及立委，立刻上前寒喧。
台北市長馬英九：「他們(連宋)在公園路那邊，大概上萬人都集中在那附近，我是照平常的慣例到前面來。」
站在總統府前升旗，一樣拉開嗓門大聲唱歌，只是在人海旗海中，無論跟連宋或是陳總統，都保持了一段距離。
