教宗方濟各逝世後，天主教會台灣地區主教團晚間也出面，強調從今天(21)晚上開始，全台灣的天主教會都會開始舉辦彌撒替方濟各祈禱，總統賴清德也表達哀悼，強調總統府與行政院將降半旗兩天，而外交部也強調，我方將派特使參加教宗喪禮。
教宗方濟各逝世後，天主教台灣地區主教團也出面，盼各界能為方濟各祈禱，也開放時段讓民眾都可以到靈堂，送方濟各最後一程。
天主教主教團主席李克勉：「整個台灣天主教會今天晚上開始，就會開始彌撒，直到他出殯，我們也全體祈禱。」
而教宗方濟各過世後，總統賴清德也發文悼念，感謝方濟各多次在台灣發生災害時關心台灣人民，同時也已經指示外交部長林佳龍，向教廷駐我國大使館轉達悼念之意，總統府與行政院也將降半旗兩天，前副總統陳建仁也發出兩人合照，希望方濟各能永享榮福，立法院長韓國瑜也說，一位以謙遜與智慧影響世界的智者離開了，願這個世界記得他的光，外交部也指出我方除將派特使參加教宗喪禮，我國政府高層也將出席教廷駐台大使館舉辦的追思彌撒
不過這回教宗喪禮我國將由誰出席，回顧過往上上位教宗聖若望·保祿二世，2005年逝世時我國是由總統陳水扁代表率隊，如今除了總統賴清德是人選外，外界也點名前副總統陳建仁
民眾黨團副總召張啓楷：「2005年是由陳水扁出席，元首區第一排第四個位子，方濟各對台灣非常友善，0038我們為了表達最大的敬意，應該由總統賴清德帶隊出席，第二順位才是蕭美琴，第三才是前副總統陳建仁。」
