近期越來越多民眾在確診後3個月內，又出現快篩陽性的情況，但指揮中心日前未將此認為二度感染，引發爭議，指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞指出，目前「重複感染」的定義已有在專家會議上有彙整文字意見，將以「1到3個月內症狀惡化」、「抗原快篩陽性或PCR陽性且Ct值<27」2條件做認定，無須做基因定序。
羅一鈞指出，二度感染部分，會以「重複感染」的名詞去解釋，專家會議中已有彙整相關意見，會以症狀、臨床檢驗條件合併去定義，如1到3個月內要認定為重複感染，就需要具備症狀惡化的條件，如果只是無症狀，或和原先確診的症狀相比無明顯惡化，不能算重複感染。
第二條件則是抗原快篩陽性或PCR陽性且Ct值<27，如有達到2條件即是可符合重複感染定義，就無需基因定序，除非有相關需求，可再由醫療院所送檢體到實驗室定序去釐清有無感染變異株。不過此政策，還有後續通報系統、申報碼、投藥流程等配套要修訂，將等所有配套完成後正式公佈。
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