為了提高疫苗施打，指揮中心將和全聯合作，找了全台174家門市，在店裡設置接種站。不過，台北市長柯文哲認為，中央的預約系統已失靈，如此設計和地方脫節；對此，指揮官陳時中回應，過往流感疫苗就有類似經驗，但還是尊重地方的政策決定。
和全聯談好，全台174家門市，除了來買東西還能打新冠疫苗，但北市不買單，認為應該是要設定目標族群，長者未必會去賣場，只針對接種地點恐怕亂槍打鳥。
台北市長柯文哲：「中央那個疫苗預約系統，應該是已經失靈了，可能有些人打掉，沒有去取消掉，亂掉了，我覺得那個(賣場設點)設計，有時候真的中央跟地方脫節。」
疫情指揮中心發言人莊人祥：「不是強迫的，目前各個縣市都已經在進行評估。」
中央拋出賣場設點想法，北市不領情，認為恐怕會更混亂，但莊人祥說沒有強迫，甚至部長陳時中也有點無奈。
疫情指揮中心指揮官陳時中：「這大家都做過的事情，但是我尊重大家的選擇，但也不需要去汙名化，其他人在做的事情。」
強調不是首次這麼做，流感疫苗也同樣有在百貨超市設點過，對於催打有一定影響，尊重地方決定。
疫情指揮中心發言人莊人祥：「最快下周可以開始設站，看動線頂多只能提供一種(廠牌)，避免接種錯誤。」
想要催高疫苗涵蓋率，指揮中心想辦法，加開接種站讓施打更方便，未來更不排除捷運和火車站，也都會設立，畢竟二劑涵蓋率，至今尚未達到六成的目標。
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