源自南非的Omicron猛爆，目前至少有23個國家發現確診案例；由於該變種病毒的基因定序還要幾周的時間才能確定，指揮中心卻在此時決定開打成人第三劑疫苗、青少年第二劑，因而遭專家質疑。
由於病毒情況不明，各國首先是收緊邊境管制，像日本已經要求航空公司12月份要暫停所有飛往日本的訂位。而指揮中心也決定，最早明年元旦起為成人施打第三劑疫苗，12至17歲青少年的第二劑接種時間更提前到12月中旬。
中華民國防疫學會理事長王任賢則認為，從DELTA變種病毒開始，就發現目前全球主要疫苗根本無法抵擋新型變種病毒，在世衛組織尚未公布Omicron病毒的基因定序，各藥廠還無法取得基因定序研製第二代疫苗的情況下，打再多的舊疫苗也無法防堵變種病毒。
即使了解這種狀況，指揮中心還是決定開打第三劑，王任賢認為，指揮中心根本就是打政治疫苗，目的只是要堵民眾的嘴。
在舊疫苗防護效力不足情況下，王任賢建議指揮中心對於入境旅客採取「原地採檢、當天看結果」的檢驗流程，把變種變毒擋在國門前。而指揮中心2日已決定，針對春節返鄉「7+7」、「10+4」的方案改採「原地採檢」，避免防疫計程車把病毒擴散出去。
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