為了因應疫調需求，指揮中心5月19日推出簡訊實聯制，並承諾這些資料都只會提供防疫使用，不過有法官投書媒體，表示在實務上已經看到警方利用實聯制鎖定嫌犯行蹤，遭外界質疑，難道實聯制有濫用疑慮嗎？有法律專家認為，檢警偵辦重大刑事案件，本來就可向電信業者合法取得通信資料，指揮中心如果想排除其他用途，就必須透過立法、才能有所本，否則只會淪為口頭承諾，對保障民眾隱私毫無幫助。
民眾黨立委高虹安：「紙本表單形同這個數據就石沉大海，CDC目前並沒有對實本表單的資料，去做任何的運用，地方衛生紙還是得要土法煉鋼，去跟這個確診者去做問答的方式，或者就像(投訴人)王先生講的，可能還要調一些監視器，土法煉鋼地來完成這個疫調，那各位可以想像的，沒有效率又不精準。」
實聯制怎麼運用、有無銷毀成了羅生門，另外足跡只供疫調的保證，外界也打上問號。日前台中地方法院法官張淵森投書媒體，以我必須成為吹哨者為題，指出刑事警察局，在搜索票聲請書中，竟打算利用實聯制簡訊，鎖定嫌犯行蹤；不過有檢察官PO文反駁，表示警方基於通訊保障及監察法，合法取得包含實聯制簡訊在內的所有通訊資料，並沒有特地調閱足跡，是指揮中心做出無效承諾，別把錯怪到檢警身上。
防疫指揮中心副指揮官陳宗彥曾大動作開記者會，還祭出有期徒刑3年和300萬罰金，呼籲別傳假消息。如今足跡用途引發爭議，少了專門監督機構和法源依據，指揮中心對檢調喊話，也只會變空話。
疫情指揮中心副指揮官陳宗彥(2021.6.19)：「不管是刑事的偵查跟偵辦，不能去調用這個跟疫調有關的這個資料。」
台灣人權促進會數位人權專員周冠汝：「政府跟(電信)企業合作關係是什麼，是有一個法律要求企業一定要配合呢？還是說兩者彼此之間有一個契約，然後我們也很希望可以去釐清這件事情，不管是政府或者是企業，才可以做相應的監督跟事後的問責。」
實聯制缺乏法律配套，就怕人民隱私不保，檢察官資歷12年、曾偵辦跨國運毒案的刑事法專家陳重言認為，一般的刑事案件，的確不能濫用足跡，但若是處理重大犯罪，偵查機關其實站得住腳。
新時代法律學社秘書長陳重言：「假設刑事偵查機關，為了偵辦一個嚴重的犯罪，他跟電信機關他跟當事人都調不到，他只能找1922調的時候，他拿著搜索票的時候我想1922，指揮中心未必有權可以拒絕，因為它畢竟是一個法院核發的搜索票，這就是我講，(指揮中心)你不要過度保證(足跡僅供疫調)，那這個是資訊揭露的問題這不一定是對錯，因為法律效果不一定因為他講就會改變，如果可以調(實聯制簡訊)，不會因為(指揮中心)他保證不能被用，因此就不能用。」
新時代法律學社秘書長陳重言：「任何國家機關甚至立法作為，你都不能牴觸憲法，如果你強迫人民提供他的資訊，而這資訊到最後用來追溯他自己的話，這恐怕就會有牴觸憲法等級，不自證己罪的疑慮。」
政府當初自豪，在三天之內就開發出實聯制，但欠缺法律監督，後遺症一一現形，不免讓人質疑，行事草率、太過急就章。
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