如果有免疫力低下的族群，打疫苗前建議先諮詢，因為像是紅斑性狼瘡和類風濕性關節炎患者，高機率有抗心磷脂抗體，如果打AZ或嬌生疫苗可能有血栓風險，醫師建議可以等mRNA的莫德納或輝瑞疫苗，風險較低，另外有服用化療藥物或高劑量類固醇，打疫苗之前也得和醫師討論停藥風險。
民眾林小姐：「醫生是不建議說我們(母親)打AZ，因為現在她的(紅斑性狼瘡)疾病，有要復發的跡象，醫師是說因為它是屬於免疫的疾病，打AZ可能會加重她的病情。」
有自體免疫相關疾病，就得特別注意，如果是紅斑性狼瘡、類風濕性關節炎，或是習慣性流產婦女，抗心磷脂抗體陽性比率高，如果打線病毒載體的AZ或嬌生疫苗，增加血栓風險。
免疫系統低下，容易造成凝血，醫師特別建議先別冒險，這類族群打mRNA疫苗，可以等莫德納或輝瑞來，另外如果常使用，化療藥物、高劑量類固醇或有慢性腎臟病患打疫苗前得和醫師討論，評估停藥風險。
但也有人發現先前血栓個案，D-dimmer值異常升高，是否可以當作判定，是高風險的依據。
新光醫院家醫科醫師柳朋馳：「長期久臥或者是他可能，本身有些癌症的病人，那這些族群有時候在驗D-dimmer，也會稍微的略高，但是不代表說他就一定有血栓的存在。」
還有網路謠言，說打疫苗前，吃顆普拿疼可以緩解症狀，但也有人說服用止痛藥，可能影響疫苗效力，指揮中心極力澄清。
指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳：「必要的時候我們再吃退燒的普拿疼，那沒必要的時候，就不需要去吃它，可是對疫苗效果到底會不會有影響，這沒有什麼實證的資料。」
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