馬祖在昨（27）日新增1名本土個案（案5774），成為台灣離島首例確診案例，引起當地居民恐慌，已有數百人在臉書社團呼籲離島資源有限，本島民眾非必要不要前往離島，同時希望縣府可以「封島」，避免疫情擴散。
案5774從台灣本島至馬祖從事服務業，13日抵達馬祖，21日返台至屏東，24日因失去嗅覺就醫確診，目前在台灣治療，在馬祖密切接觸者20人，已全數居家隔離並進行核酸檢測，8名檢測陰性，12名檢測中；馬祖機場已在昨日設置快篩作業嚴防，另外連江縣也已匡列21日同班機34人進行疫調，其中29人在台，由各縣市追蹤。
根據《聯合新聞網》報導，有民眾在今（28）日接到航空公司「全面取消」飛往馬祖北竿的航班簡訊通知，該民眾抱怨，自己的老家、親朋好友皆住在馬祖，原想趁休假回家探望親友，未料因為疫情航班一改再改，讓行程大亂就算了，如今竟被通知全面取消，「難道馬祖真的要封島了嗎？」
對此民航局回應，確實有收到連江縣政府要求，指出馬祖的醫療資源、防疫人員皆十分有限，若疫情擴大難以負荷，因此希望自即日起至6月14日，「北竿機場」航班全面取消，只保留南竿機場航班；至於其他離島，民航局表示目前航班仍維持正常，但乘客少了很多，因此將對航班作些微調度及調整。
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