台鐵虧損問題，不斷被提出討論，台鐵企業工會最新發聲明認為，政府扶持高鐵，犧牲了台鐵，包含原本北車有4個月台和軌道，有兩個分給高鐵使用，年虧損三億元，連帶造成高誤點率，以及限制台鐵車次量，有25%的虧損源自於高鐵，不過前交通部長葉匡時認為，高鐵的快速和便利，不可否認會影響到台鐵營運，不過這也是政策一環，政府和台鐵應該要與時俱進，找出因應對策。
拿出數據，工會認為高鐵多方面牽連著台鐵的營運，包含台鐵接駁高鐵各支線，每年攤提折舊3.73億，維護支出1.53億，以及台北車站，交付高鐵營運年損失3億，加總起來8億多元，占了年虧損的四分之一，工會更點出政府刻意，限制台北到公高雄直達，或跳蛙式車次量，根本就是袒護高鐵的營運。
工會：「有將近1/4(虧損)，是為了挹注高鐵的，或者是接駁高鐵的一些營運，其實我們可以把這些錢省下來，大量投入到所謂的，安全措施設備。」
點出政府種種方面挹注高鐵，擠壓台鐵的營收，工會呼籲政府停止圖利高鐵，應將資源多投入，軌道安全改善計畫，不過這說法似乎不是，每個人都能接受。
前交通部長葉匡時：「重點不是去怪人家，政府也沒有因為這樣，台鐵虧損就懲罰台鐵的員工，今天我們不是說，台鐵虧損那麼大要怪台鐵，而是說這個事實，我們應該共同，包括台鐵，包括政府，還有民眾也要願意，付比較高的票價。」
前交通部長葉匡時認為，高鐵的快速和便利，以及雙鐵互相搭配的運輸政策，不可否認會影響到台鐵營運，但這也是政策的一環，儘管台鐵虧錢是事實，工會期盼改革的同時，或許也應該思考，如何與時俱進找到因應之道。
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