確診的24名官兵下船後幾乎都搭大眾運輸，根據各縣市公布的足跡，不少人都從左營搭高鐵北上，高鐵接獲消息後，19日立刻深度清潔車廂，甚至把座椅套直接拆下換新，另外還有活動複雜的案例，從回家後就搭火車北上，晚上再搭高鐵到高雄借住朋友家，甚至在台北期間也搭過捷運，針對確診足跡，北捷也強調不斷加強消毒，另外基隆一名官兵也搭過國光客運回家，同車37人幾乎滿載，該班車也在14天內不會載客。
行李架、走道出動噴霧消毒，因為確診官兵只要住外縣市，幾乎搭上大眾運輸，其中案396於15日搭高鐵136車次，下午2點55分左營上車到台中，坐第三節車廂靠窗，另外案401也在同一天晚上6點半搭車回台中，高鐵也針對密度高的台中、左營站加強清潔。
台鐵收班後也大消毒，因為還有官兵搭火車跑透透，其中一例17日早上10點搭自強號103車次，嘉義上車到台南唱歌，晚上6點多才回程，另外案413活動更複雜，16日下午快兩點，從雲林出發到台北淡水找朋友，晚上10點多再坐高鐵到高雄借住朋友家。
雲林縣衛生局長曾春美：「(案413)16日、17日的行程都是在高雄，那18日早上他到九點多的時候接到部隊的召回令。」
就連北捷也無倖免，中央公布個案足跡，除了台北、板橋車站，淡水線新北投和復興崗站官兵也曾經到過，捷運回應，列車營運8小時都會不斷消毒。
記者黃瀞瑩：「另外還有一名確診官兵，當時他是搭高鐵到台北之後，選擇的是要搭國光客運準備要回基隆，而他選擇的位置就在這前幾排，靠窗這裡，不過當時車上總共是37個人，換句話說幾乎是客滿的狀態。」
17日當天，基隆這名確診案例搭晚上9點35分客運回家，車上乘客都會清查，該班車也會「自主隔離14天」不會載客，指揮中心承諾，只要有疫調資訊，個案搭車座位都會公布，但下船後到確診日，這4、5天早載過不少乘客，就怕這「時間漏洞」也讓病毒有縫可鑽。
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