確診的24名官兵，下船後幾乎都有搭大眾運輸，根據告縣市公布的足跡，不少人都從左營搭高鐵北上，有的回台中，有的回嘉義或台北，如果有安排的人活動更複雜，像是案413回到雲林家之後，隔天就搭火車北上找朋友，晚上再搭高鐵到高雄借住朋友家，另外基隆一名官兵也搭國光客運回家，同車有37人，交通運輸都表示會再加強消毒，以免病菌殘留。
其中案396，就在15日搭高鐵136車次，下午2點55分，左營上車到台中，坐第三節車廂靠窗，另外案401，也在同一天晚上6點半，坐在11車9E回到台中，其他官兵也有不少人，從高雄搭車到嘉義或台北。
還有的官兵搭火車跑透透，其中一例，17日早上10點，搭自強號103車次，嘉義坐車到台南唱歌，晚上6點多才回程，另外案413活動更複雜，16日下午快兩點，從雲林出發到台北淡水，找朋友這期間也可能搭北捷，晚上10點多，再坐高鐵到高雄借住朋友家。
雲林縣衛生局長曾春美：「(案413)16日、17日的行程，都是在高雄，那18日早上他到九點多的時候，接到部隊的召回令。」
台鐵彭明光：「我們接到訊息，車站跟車上都已經加強消毒。」
除了鐵路，基隆市也公布，其中一名確診官兵足跡，搭車到台北之後，晚上9點20分坐國光客運，回基隆的家，該班統計總共37人，業者回應會針對基隆車
班，加強消毒。
基隆市長林右昌：「衛生局還有警察局，將會協助比對，坐在確診個案周遭的民眾來釐清。」
磐石艦官兵，足跡遍布西半部，尤其交通運輸都是人，讓各單位繃緊神經。
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