隨著技術進步和研究深入，菌叢檢測有望應用於更廣泛的醫療和健康管理領域。例如，結合人工智慧的數據分析可以提供更精準的健康預測；基於菌叢的個性化治療（如糞菌移植）也將成為未來的治療方向。
臺北榮總感染科主任/教授林邑璁：「腸胃菌叢檢測就是說從我們這個糞便去驗出，到底說裡面有哪些細菌，因為我們知道一般所稱的什麼益生菌，其實大部分就是這些厭氧菌，那就是在我們的腸子裡面，他就是在從糞便中去把它做檢驗，但是我們用一些傳統的培養技術，事實上能培養出來的細菌是相當的少，所以這種腸胃菌叢檢驗，是用基因定序的方式想辦法。」
臺北榮總肝膽腸胃科主治醫師/教授李癸汌：「這個腸道菌呢是在，其實自古就已經存在我們的身體裡面哦，只是說過去呢，對它的這個功能不太了解，因為這些細菌很大的一部分，沒有辦法去培養出來。所以以前都不知道到底有哪些細菌，而現在隨著定序還有大數據的這個分析，我們已經慢慢可以知道說，可能有哪些細菌，這幾年的研究發現說跟我們身體各方面的疾病哦，包括腸胃科的病，還有非腸胃科的病都有一些關係。」
臺北榮總感染科主任/教授林邑璁：「已知的這個研究，這個腸胃道的細菌其實跟許多系統，跟許多疾病都有相關，跟癌症跟自體免疫疾病，跟肥胖等失智症，甚至還有人覺得說可能跟，對癌症治療的反應都有相關，但是我們要強調這是一個相關性，那它是不是直接有因果的關係，目前都還需要有更多的這個研究，來進行才可以確定。」
如果腸道黏膜受損，腸道通透性會變差，有一些細菌或其產物就較容易跑到體內，可引起非腸道器官發炎，造成健康問題，甚至產生菌血症。
資深醫藥記者蔣志偉：「腸道菌群的失衡可能會導致多種健康問題，包括肥胖、糖尿病、心血管疾病、自體免疫疾病和精神健康問題等。早期檢測可以幫助識別潛在的風險，進而採取預防措施。追蹤腸道健康變化定期的菌叢檢測，可以幫助追縱腸道健康的變化，特別是在改變生活方式、飲食或服用藥物後，有助於調整健康管理計劃。」
臺北榮總肝膽腸胃科主治醫師/教授李癸汌：「目前呢大概就是，我想很多科別的人都有在做，說跟腸胃道的這個菌叢的關係，那所以其實腸胃科不管你是，胃腸鏡最有名就是大腸激躁症啊，大腸癌啦還有一些大腸發炎性疾病哦。還有包括一些癌症胃癌胰臟癌肝癌肝硬化，這些腸胃科的病都跟它有相關哦。」
臺北榮總副院長/教授侯明志：「一個細菌，就是像一個細胞一樣，它的細胞總量可能是我們整體人類的細胞，一個人細胞的十倍大概百倍，那它從我們出生的時候，它逐漸逐漸地一直在增加，然後不管是它多樣性豐富性，越來越多，那就逐漸來定型了。」
腸菌叢檢測是了解腸道健康的重要工具，可以根據個人腸道菌叢狀況，進行飲食和生活習慣的調整，提升整體健康，而透過檢測，更能精準掌握腸道健康，為長期健康管理，打下良好基礎。
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