新冠病毒不斷變種，除了已在全球造成嚴重威脅的Delta病毒，世界衛生組織也將數支變異種列為「需留意」。日本前陣子首度發現了其中一種「Mu」變異株後，厚生勞動省再宣布，邊境檢疫的陽性者當中，驗出18例「Eta」變異株，也是日本境內首次出現Eta病例。而「東京大學醫科學研究所」分析接種疫苗後的中和抗體保護力，發現Mu病毒具「免疫逃逸」特性，相較原始株，疫苗對於Mu變異株的保護力大約僅剩七分之一。
日本首相 菅義偉：「19個都道府縣的緊急事態宣言決定延長。」
隨著自民黨新一任黨魁選舉，菅義偉的首相之路9月底走到盡頭，最後一次的防疫禁令宣言延長記者會，講詞顯得感性。
日本首相 菅義偉：「身為內閣總理大臣，我會竭盡全力做好工作，直到任期最後一天。」
菅義偉強調，上任一年，總是夙夜匪懈奮力「抗疫」，再一次鞠躬致謝國民的配合。不過，媒體可沒打算放過即將卸任的總理。
日本首相 菅義偉(2020.09.16)：「我會守護國民的生命與健康，確保必須的醫療體制。」
日本媒體翻出去年菅義偉剛上任時，雄心萬丈地要一舉殲滅新冠疫情。只是一年過去，染疫數快速擴大，許多患者的生命消逝，該被確保的醫療體制瀕臨崩盤。
日本新聞記者：「醫療窘迫尚未改善，您卻決定要退下陣來，新冠疫情整體對策到底出了什麼問題？」
日本首相 菅義偉：「我們都還無法精準了解新冠病毒的詳情，但是不能妥善確保醫療體制這點，政府相當需要反省。」
記者尖銳的提問，逼得菅義偉不得不道歉，也期許新政權能盡力延續疫苗、療法推動工作，而日本的確需要加緊速度面對瞬息萬變的疫情。厚生勞動省表示，從去年12月到今年9月，在邊境攔下的陽性者中，經過基因分析後，發現有18人感染了「Eta」變異株。「Eta」被世衛(WHO)列為「需留意變異株」之一，去年12月起，在多個國家出現確診，日本境內則是首次發生病例。
全國知事會會長 平井伸治：「有報告指出Mu變異株已經進到國內。關於Mu變異株，很可惜的是疫苗似乎起不了作用。」
除了Eta之前，另一支需留意變異株「Mu」也進入日本。東京大學醫科學研究所團隊，研究中和抗體保護力，發現相較於原始病毒株，中和抗體對Mu變異株的保護力僅剩約七分之一；但團隊強調，疫苗還是能提供一定防護力，建議最好積極接種。
對於不斷變種的病毒，日本政府嚴陣以待，唯一好消息是，在疫苗與雞尾酒療法共行之下，整體新增確診數正緩慢下降，企業也為解封後做準備。
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