海葵颱風來勢洶洶，除了可能「貫穿台灣」之外，也將影響日本沖繩地區。海葵路徑南修後，3日將逐漸逼近沖繩先島諸島（宮古島、八重山群島等）。受颱風影響，沖繩2日已有49航班取消，影響近3千人。當地政府也呼籲民眾，應避免非必要的外出。
綜合日媒報導，海葵颱風預計將於3日最靠近日本先島諸島，截至目前為止，日本全日空、日本航空、日本越洋航空等已陸續取消49航班，至少影響約2900人，3日恐有更多航班遭到取消。另一方面，沖繩旅客船協會指出，連結石垣島與周邊離島的170船班受颱風影響取消。
由於海葵颱風已達到日本「強烈颱風」基準，八重山群島2﹐3日將颳起暴風，預計最大風速達每秒30至40公尺，最大瞬間風速40至60公尺，恐導致建築物損壞、電線桿倒塌。當地政府呼籲民眾在暴風期間避免非必要的外出，並遠離室內窗戶。
視颱風路徑而定，先島諸島各地恐下起警報級大雨，引發土石災害、淹水與河川氾濫。根據預測，截至3日晚間6點為止，八重山地區24小時雨量恐達100至150毫米。
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