因應中央流行疫情指揮中心第二級疫情警戒標準，選手必須先完成實聯制、量體溫及酒精消毒等防疫措施，工作人員會在號碼布上以貼紙標記後才能進入會場。無論是迷你馬、小馬、半馬及全馬的選手，請配合防疫措施，全程戴口罩。今年的賽事只允許選手與工作人員進入會場及賽道。活動會場可以喝水，但禁止用餐，請共同遵守防疫規定。
2021花蓮太平洋縱谷馬拉松從去年10月開放報名，就有要求參賽者上傳施打至少一劑疫苗的接種證明，活動會場工作人員，也同樣要求疫苗的接種證明。這次賽事總計有七千多名選手參賽，在參賽組別裡以迷你馬3065名選手占最多，各組選手的年齡層從兩歲到八十九歲之間，又以四十一歲至四十五歲的選手名額居多。
賽事起跑地點由美崙田徑場旁的海岸路出發，為維護活動期間競賽場地安全及周邊道路交通秩序，比賽區域的路段將採交通管制並視現場交通狀況彈性調整，交管時間訂於2月19日凌晨5點起至下午2點止辦理。
花蓮市公所表示，管制路段包括193線海岸路北上自民權路口行經中興路口全線交通管制、民權路行經民權五街口至民權六街口北上交通管制、民權五街（東旭觀海酒店前）路段交通管制、港口路南下自中美路口行經中興路口全線交通管制、兩潭自行車道自景觀橋85度C南下行經花蓮大橋自行車道全線交通管制、台11丙線行經花蓮大橋往東路段至15.3公里交通管制、華中路部分路段交通管制。管制期間請用路人繞道，以免造成選手的安危及交通的衝擊。
考量到停車不便及避免交通阻塞，花蓮市公所建議選手共乘或搭乘活動單位免費提供的接駁巴士，選手持號碼布即可搭乘，但建議去程禮讓全馬組及半馬組選手先行搭乘，並在搭乘前必須先掃實聯制，量體溫及酒精消毒。去程首班凌晨三點半至五點半之間分別在花蓮火車站、中正路（明禮附幼前）、中山路石來運轉廣場等三個地點出發，坐滿即發車。回程則於上午十點至下午兩點於美崙田徑場每隔30分鐘出發，坐滿即發車。
