為了提高疫苗施打,指揮中心將和全聯合作,找了全台174家門市,在店裡設置接種站。不過,台北市長柯文哲認為,中央的預約系統已失靈,如此設計和地方脫節;對此,指揮官陳時中回應,過往流感疫苗就有類似經驗,但還是尊重地方的政策決定。