行政院長賴清德今(12日)公布內閣改組名單，法務部長由調查局長蔡清祥接任，現任部長邱太三則改任國安會諮詢委員。外傳邱因「得罪阿扁」引起深綠支持者不滿，「不執行死刑」更成為壓垮他的最後一根稻草，邱太三對此坦言，「我就是得罪阿扁」，強調自己沒有「顏色」，處理事情都是以專業考量為原則。
據《ETtoday新聞雲》報導，消息人士透露，台灣近日凶案頻傳，民間已累積諸多怨言，加上總統蔡英文民調低迷，因此希望法務部長找幾個具代表性的死囚執行槍決，更曾找邱太三商討相關問題，但邱的態度被視為「給軟釘子碰」，且法務部也未提出具體解決方法，才促使府方加速內閣改組。
除此之外，消息人士也稱，邱太三被換掉的另一關鍵就是「得罪陳水扁」，因為阿扁保外就醫後到處趴趴走，特別在民進黨執政後更肆無忌憚，不時挑戰法律底線，讓邱相當無法認同，曾多次公開發言警告阿扁，卻也因此引起深綠支持者不滿，所以蔡政府為穩定年底選情，並防止阿扁扯後腿，才毅然撤換邱太三。
針對上述傳言，邱太三接受《ETtoday》專訪時說，「我就是得罪阿扁」，但自己沒有政治色彩，一切就是回歸專業，政務官處理事情必須審慎，不會因為是民進黨的主張而刻意配合；至於不執行死刑原因，他表示自己沒有宗教信仰，但要執行死刑就該走完程序，尤其兩公約已經內國法化，法務部也承諾訂定執行要點逐步廢死，當然必須審慎，不宜因民怨沸騰就倉促決定。
據了解，外傳府院高層原有意讓邱太三接任總統府副秘書長，但他堅持拒絕，最後是總統府秘書長陳菊出面力勸，才終於獲得他首肯接任國安會諮詢委員；但邱太三坦言，自己還是希望能回學校教書，可是「菊姐來勾勾纏」，他做小弟的只能耍賴，是否確定出任國安會諮詢委員，他目前仍在猶豫中。
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