行政院長吳敦義表示，食品衛生法修法後，台美牛肉議定書有一部分不適用，台灣方面傾向立刻和美方重新諮商，不過美國貿易代表署在給TVBS記者的答覆指出，台灣違反經過「科學基礎」考量所簽訂的議定書，美國貿易代表署實在不知道，這樣還能用什麼基礎重新談判，透露出美方沒有立即重啟談判的意願。
美國貿易代表署強調，2個月前簽訂的議定書，是基於科學基礎，根據WTO動物衛生條例，以及台灣的風險評估後，認為美國牛肉產品是安全後，才簽訂的，而台灣方面現在採取行動，違反雙方仔細談判後所簽下的議定書，在這樣的情況下，美方無法斷定，還能用什麼基礎來展開重新協商。
