第一波內閣改組，已經全部底定，不過兩岸外交和軍系人事異動，也已經開始佈局，在八八風災過後，接下國防部長的高華柱，表現深獲馬總統肯定，外傳即將升任國安會秘書長，面對傳聞高華強調，都是媒體臆測，不過可能的接替人選陸續浮上檯面，現任副部長楊念祖、前國防大學校長謝建東，都被點名可能接任；至於外交部長人選，外傳高層屬意由駐美代表袁健生接任，陸委會主委位置則是提到了新聞局長楊永明的名字。
陪著總統到處看部隊，國防部長高華柱，從救災部署到部隊訓練成效，都深受馬總統肯定，外傳520第二波內閣異動，高華柱就要高升，接下國安會秘書長。國防部長高華柱：「我想這都是一般媒體的揣測而已。」
是不是會入主國安會，還沒有定案，但是可能接掌國防部的人選，陸續浮上檯面，前國防大學校長謝建東，外傳被高華柱推薦給馬總統，不過也有傳聞，指剛上任的立委陳鎮湘，也是可能人選，而做滿4年副部長的楊念祖，外傳馬總統有意將他扶正，達成文人領軍目標，但馬總統十分信賴的國安會副秘書長葛光越，空軍出身，由他入主國防部，符合陸海空軍、軍種平衡的傳統。
駐美代表袁健生：「國民黨，加油。」
駐美代表袁健生，因為任內表現亮眼，除了被點名國安會秘書長，也是外交部長的熱門人選，而從上任第一天，就備受爭議的陸委會主委賴幸媛，也可能異動。行政院陸委會主委賴幸媛：「我不做任何的跟人事有關的看法的表達，謝謝。」
做滿4年的賴幸媛，異動機會不小，即將裁併的新聞局長楊永明，被點名可能接下陸委會，內閣改組，沒有一次到位，第二波異動佈局，其實已經展開。
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