前台北市市長馬英九的特別費案，高檢署偵查終結，檢察官依照貪污罪嫌，將馬英九起訴，最主要是認定馬英九把部分特別費納為己有，而且申報財產，再加上供詞前後不一，檢方認定，馬英九貪污1千1百多萬元；另外秘書余文則依貪污、偽造文書罪嫌起訴，其他5名市府官員，也被視為偽造文書共犯，遭到緩起訴處分。
高檢署書記官長張文政：「馬先生歷年來，確實有多項捐款，但是這些捐款不僅在客觀上，資金來源絕大部分是來自競選費用的補貼款，或是競選經費的結餘款，並不是來自於特別費，而且檢察官也發現，馬先生主觀上並沒有先捐款，日後再從特別費取償的認識。」
檢方認定，馬英九的供詞前後不一，馬英九在前2次應訊時，表示並沒有特別記帳，是否用完無法確定，審計單位沒要求繳回特別費，無貪污故意，特別費是實質補助，等同薪資，就算納為己有，也沒有不法意圖。
但是馬英九在今年2月7日第3次主動應訊時，卻提出了6大聲明，他主觀認為，私款並不是公款，如果是侵佔，何必捐出來，而且捐贈都有申報，抵扣所得稅，沒有掩飾的動作，再加上如果有侵佔公款，就不會申報財產，也從來沒有大量的提領特別費，馬英九跟候寬仁說，以上都是他的固定行為，但檢察官認定，他是翻供，難以採信！
另外秘書余文，也被檢方查出貪污76萬，除了偽造文書，多加了一條貪污，其他5名市府官員，由於坦承犯行，以緩起訴處分，檢方認定，馬英九在案發後捐款1千1百60萬，可以從輕量刑，但余文貪污的部分沒有自白，應該從重量刑。
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