地方政府對新版財劃法上路後的經費分配問題表達強烈不滿，尤其在捷運建設補助款大幅刪減方面引發激烈反彈。台北市捷運路網補助經費被削減650億元，新北市捷運建設近期遭刪減90億元，砍幅達72%；台中市捷運藍線向中央申請的42億元補助款，最終僅獲核定不到2億元。交通部則表示，財劃法實施後地方財政狀況已有改善，地方政府應承擔更多責任。
台北市長蔣萬安對中央將原本已核定的捷運路網補助經費大砍650億元表達不滿，台北市捷運補助款被砍了75%。台北市捷運局綜規處副處長曾昭容表示，若中央刪減對地方捷運應負擔的補助款，將會對台北市政府出資的6個在建工程產生影響。
新北市的情況同樣嚴峻，捷運建設近期遭中央刪減90億元補助，砍幅高達72%。而台中市捷運藍線於今年6月動工，預估工程總經費174億元，向中央申請補助42億元，但中央僅核定不到2億元。台中市長盧秀燕對此感到不滿，她認為將近60億元的補助款未獲批准，質疑中央是否在「卡盧」，並指出因為「卡盧」所以擋捷運建設是非常不道德的行為。
對於各地方政府的不滿，交通部強調全力支持地方捷運建設，但同時指出在財劃法實施後，地方財政狀況已有明顯改善。以台中為例，每年將增加295億元的收入，因此交通部呼籲地方政府應該承擔更多責任。
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