國防部長只當了6天，「文人部長」楊念祖就因為自己的論文涉嫌抄襲，重挫國軍形象，引咎辭職，總統沒留人，府方第一時間准辭，國安會也立刻召開相關會議因應，就是要避免爭議擴大延燒，但楊念祖辭官的主因，眾說紛紜，外傳楊念祖是軍方內鬥的犧牲品，但也有立委認為是文人部長「扛不住」，請辭非關派系鬥爭。
國防部長深夜請辭，說完「該說的」，楊念祖轉身走人。國防部發言人羅紹和：「記者會到這邊結束，謝謝！」
閃辭看似來得突然，但其實事發前5個小時，國防部就獲悉「部長論文抄襲」，眼見紙包不住火，傍晚6點多，楊念祖親自到總統府報告，馬總統、江宜樺，取消既定的預算會議，7點，3人密談，當下准辭，國安會也立即召開因應會議。
資深軍事評論員吳明杰：「(楊念祖請辭)過程應該，的確是有高人指點，(盤算)把楊念祖先拉下來，後頭他們本來，軍中有他們自己的人事布局，他們覺得用了文人部長，是不是阻礙他們的布局。」
國民黨立委林郁方：「洪仲丘的事情還沒有了，現在他(楊念祖)自己的事情出來，對他來講，就只有毅然決然走人，這跟什麼派系鬥爭都無關。」
楊念祖走人，背後主因各自有解讀，但府方忍痛放人，就是擔心國防部好不容易從洪案風暴站穩，要是再被抄襲風波延燒，後果不堪設想，但總統出訪在即，國防部卻連折兩名部長，傳出要總統「好膽賣走」，暫緩出訪。
民進黨黨立委陳亭妃：「國防部短短七天換了兩個部長，這樣子的危機，我不知道你(總統)，要怎麼出訪。」
在野黨喊話，要三軍統帥安定軍心，畢竟洪仲丘枉死，燒得國軍焦頭爛額，解決方式卻停在「部長換人做做看」。
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