新冠肺炎本土疫情去年5月爆發，萬華阿公店及北農等批發市場出現不少確診個案，監察院先前提出調查報告稱北市府輕忽疫情，長期未能掌握阿公店家數，遭台北市長柯文哲批「醫療是專業，不要找外行人來當打手」外。對此，監察院今（17）日反駁，表示調查報告已善盡調查能事，內容不迎合外界指控，可受公評，並要柯別用「打手」等情緒性字眼進行人身攻擊。
監察院今天發出新聞稿，表示調查報告已善盡調查能事，特別針對外界指稱北市府有匡列接觸者鬆散一事，明確表示無證據可證明，亦未發現有不符合《疫情調查及接觸者追蹤指引》之情事，報告內容不迎合外界指控，可受公評，有多少證據說多少話，清清楚楚還北市府一個公道。
有關柯文哲質疑醫療是專業，不要找外行人來當打手，監院回應，監委提出的調查報告必須送請業管之專業委員會審查通過後，才正式移請相關機關檢討改善。以本案為例，調查報告提出後經監察院社會福利及衛生環境委員會審查通過，會中有各領域監察委員協助從各面向進行嚴密把關，過程嚴謹且慎重。監察院指出，監院檢討的是「行政是否疏失」，並未指摘醫療部分疏失。
另外，對於台北市副市長黃珊珊也對監察院開炮，監院表示，其過去學經歷與防疫無關，監察院尊重其基於法定職權而承擔之防疫職責，而監察委員亦獨立行使憲法賦予的調查職權，且已善盡調查之能事，建議不宜用「打手」等情緒性字眼進行人身攻擊。
至於北農當初疫情爆發嚴峻時，柯文哲曾說北農是「陸續感染」而非「群聚」，黃珊珊日前談到此事時說，北市府從一開始就掌握北農疫情狀況，並稱「從來沒有說北農不是群聚」，監察院則指出，按柯文哲去年6月22日的防疫記者會，曾明確表示「從數據而言應是陸陸續續感染而『非群聚』」，會後由北市府秘書處發布的新聞稿，也以逐字稿方式將柯文哲的發言內容對外發布，調查意見是一字不改的引用新聞稿內容，並無錯誤之處。
最後，對於黃珊珊稱，疫調初期台北市僅計算台北市感染者，是因中央的疫調平台設計之初，地方只能看到自己縣市的案例，以致未對設籍於外縣市的確診個案進行疫調，是「針對北市府而來」，監院回應，疾管署於北農疫情爆發之初，即持續透過所屬台北區管中心將跨縣市感染者的資訊提供北市府，並提醒北市府不應只計算台北市民眾的感染情形，此部分黃珊珊於監察院約詢時不否認，疫情初期，即使資訊系統沒有跨縣市染疫者資訊，但透過台北區管中心提供的資訊，北市府仍應能進行疫調。
至於疫調平台系統問題，監察院調查後認為中央與地方均有需改善之處，也要求疾病管制署檢討改進，並非僅針對北市府而來。
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