賴幸媛接掌陸委會，之所以引發國內外對馬英九未來兩岸政策的疑慮，最主要就是因為陸委會握有的權力，在海基會之上；不管是政府首長想要登陸，或是任何兩岸政策想要執行，通通得過陸委會這一關！以過去國民黨執政的例子來說，當時趙少康擔任環保署長，他轄下的科員只是要前往對岸就環保事務交流，最後都被陸委會硬生生擋下！權力之大，可見一般。
一談到海陸兩會的從屬關係，蔡英文這個前陸委會主委，最清楚。前陸委會主委蔡英文：「海基會跟陸委會原始的設計，是一個白手套的設計嘛，所以白手套要聽，真正政策主導者的指示。」
言下之意，海基會就算在兩岸事務上有任何進展，回過頭來，還是得向陸委會報告；其實就在2001年，當時還是高雄市長的謝長廷，就曾經以城市交流的名義試圖前往對岸，最後卻依舊無法成行，擋下他的正是當時擔任陸委會主委的蔡英文。
蔡英文(90.3.23)：「有整體法規結構的問題，所以謝市長非常諒解作業上的，時間的急迫性。」
就連過去國民黨執政時代，趙少康帶頭的環保署，也吃過類似的苦頭。立委李嘉進：「陸委會他在整個行政部門當中，它對大陸事務，它是有最後的核定權，包括人跟事，等於說所有部會的太上部會。」
一句「半個行政院長」，道盡陸委會在兩岸事務上頭，扮演的吃重角色；如今內定海基會董事長江丙坤，儘管積極穿梭在兩岸之間，除非海陸兩會的角色重新定位，否則未來兩岸政策走向，還是得看看賴幸媛這個主委的臉色。
◎畫面翻攝自YouTube網站
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