台中海巡隊員在臉書上抱怨，申請疫苗施打，但核發下來的對象除了第一線的岸巡隊，還有辦公室內的長官，反倒是會在海上和中國漁船接觸的基層海巡隊員沒在名單內，海巡署解釋，五月份申請打疫苗遭駁回，後來又在六月份跟著岸巡隊一起向衛生局申請，但因為送件時間比岸巡晚，才會造成誤會。
就算有穿戴防護措施，身在第一線，疫情嚴峻情況下，風險還相當高，所以中央將海巡人員，放進第二類疫苗優先施打順序。
但就有一名隊員在臉書抱怨，疫情五月中旬升溫，有向台中市府申請施打遭到駁回，接著台中市府在6月14日配發的543位疫苗施打人數，有中部岸巡、有署本部、有科室的人員，但就是沒有海巡人員。
痛批長官都只顧自己，海巡隊員守護台灣，誰來守護他們！
對於如此嚴重的指控，海巡署也出面回應了。
海巡署艦隊分署副分署長吳金河：「惟海巡署遞交名冊時間較晚，衛生單位照名冊順序核對兩梯次，疫苗施打時間並非刻意排除海巡隊，並無所謂基層人員沒有疫苗可打的情事。」
海巡署強調，絕對不是將第一線的海巡人員排除在外，而是申請的時間問題，為了保護海巡隊員，已經和醫院合作陸續，安排剩下隊員施打，造冊工作腳步太慢，也讓沒接種到疫苗海巡人員，心理慌亂不安。
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