劉內閣從盛傳小幅改組，變成劉揆自己請辭；現在傳出，劉兆玄其實一直都做好續任準備，救災期間也持續跟媒體茶敘，安排專訪，外傳下台的關鍵，就是因為馬劉對改組幅度看法分歧，加上劉兆玄想力保副院長邱正雄，才讓馬總統決定換掉劉內閣；不過對這樣的說法，總統府全盤否認。
吳上劉下，準備下台的劉兆玄8日走進總統府，停留的45分鐘，特地來向副總統蕭萬長辭行；當年劉兆玄不但是蕭萬長擔任院長的副手，劉揆組閣也是他力推；劉兆玄請辭獲准，蕭萬長第一時間看到電視，幕僚透露他心情大受影響，其實「九萬兆」破局，有機可循。
記者(2009.9.2)：「人家講7、8個部會異動？」行政院長劉兆玄(2009.9.2)：「那是人家講，不是我講，謠傳都沒有根據，也可能有人在『放話』也不一定。」
不過幾天前，劉兆玄對內閣改組表現，完全掌控主導權，但中間的關鍵就在馬劉改組，主張不同；據了解，因為馬總統力主大幅改組，還要負閣揆改由救災經驗豐富的高鐵執行長歐晉德擔綱，劉兆玄卻想力保財經專長的邱正雄，馬劉因此關係生變。
總府府發言人王郁琦：「8月中旬的時候，兩人就已經有達成共識，今年9月，劉院長會負起相關的政治責任。」
記者(2009.8.23)：「有被問到入閣嗎？」高鐵執行長歐晉德(2009.8.23)：「沒有，謝謝。」記者(2009.8.23)：「有意加入馬團隊嗎？」歐晉德(2009.8.23)：「我只是來開會。」
八八水災重建委員會開會，高鐵執行長歐晉德意外現身，當時就有傳言，歐晉德要接掌行政院秘書長，甚至是副院長，歐晉德當時否認，現在更低調，只以謝謝回應一切傳聞。
