促轉會發現國民黨有一批台灣省黨部的資料，存放在政大，但質疑國民黨沒有通報，有隱匿檔案的疑慮，要求國民黨和政大，應配合提供，但沒有收到回覆，因此18日下午，促轉會到政大封存這些資料，共124箱，但國民黨痛批，過去有關於轉型促進的檔案，早都交由檔案局，何況政治力介入校園，根本藐視大學自治！
一共124箱，全貼上促轉會公文，就是因為促轉會認定，在107年10月，國民黨向促轉會通報4萬多筆檔案，但沒有包含政大保管的部分，因此認定這些由政大進行檔案數位化的文件，還有被調查的必要。
促轉會發言人葉虹靈：「但兩次發文要他們提出之後，他們其實都沒有配合，我們就再一次去協調，那有什麼方式他們可以跟我們合作，但始終沒有得到確切的答覆。」
國民黨文傳會發言人何志勇：「促轉會宣稱這些是政治性質的檔案，不過老實說跟228相關的，在馬英九當主席的時候，已經調查過了，促轉會在做這些行動之前，並沒有發文給國民黨。」
顯然兩方的看法很不一樣，國民黨更怒批，促轉會，東廠再現，必要時要提起行政訴訟，而促轉會認為，資料放在政大，契約上國民黨可以隨時取回，有疑慮之外，校方訂定的閱覽規定，也無法讓全民公開調閱。
國民黨考紀會主委葉慶元：「如果促轉會需要相關檔案的話，直接跟國民黨索取相關的數位檔即可，政治的勢力退出校園，是我國一項很重要的原則。」
學者也批評，恐怕有違憲疑慮。
政大教授廖元豪：「我們的大學自治，或者是校園自主是很無奈的，政府機關說要，你都不敢說NO，即使這個裡面完全沒有任何的必要性，所以我認為促轉條例的第15條，從這個就知道它是違憲。」
但促轉會強調已多次與政大校方協商，完全尊重校方，並非威權入校，也感謝校方協助，政大校方則發聲明表示，依法配合國民黨和促轉會的交手爭議，再添一樁！
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