棉籽油到底能不能吃，衛福部強調只要透過精煉去除棉酚，就能食用，這樣的理論，獲得一些醫界的認同，但是也有反對派系，認為棉花生產過程，農藥殘留狀況，誰能保證，還有專家認為，這次政府選定的「HPLC」檢驗方式，是最粗糙的方法，加上棉酚的化學結構，有三種形式，一旦檢驗標準品遺漏其中一項，結果就會有漏洞！
棉花籽透過機器榨出油脂，把這樣的油品，精煉後，完全去除棉酚，衛福部說就是可食用。民眾：「應該是不會吃，還是有疑慮，台灣的檢驗制度，可能會對棉籽油不是很精確的檢出，所以我還是不相信。」
民眾還是心慌慌，前台大醫院醫師，現任羅東博愛醫院外科醫師洪浩雲，更在部落格說，棉籽油，就是採收棉花剩下的垃圾拿來榨油，如果安全為何不直接標示「食用棉籽油」，這就像是「豬肉可吃，所以不明來源的病死豬肉也可以吃嗎？」，抨擊政府說法，但在醫界也分為兩派人馬。
林口長庚腎臟科醫師顏宗海：「(棉籽油)可以安心使用的植物油，它有好處啦，它便宜，還有不飽和脂肪酸，所以對於心臟血管疾病都有幫助，可是棉籽油一定要精煉，因為沒有精煉過的棉籽油，它含有棉酚，這是一個很強的生殖毒性。」
專家說，去除棉酚，棉籽油的確可食用，但也提醒，無法百分百去除，加上國際上對於棉籽油棉酚含量，只有大陸規定200ppm以下，台灣甚至近期才定出檢測標準，令人擔憂。HPCL檢測影片：「不少的樣本都可以透過，這個層析儀區塊分析。」
據了解，台灣標準檢驗採用HPLC高效液相層析儀，透過有機溶液萃取檢體，再放入HPLC管柱層析分離，最後注入偵測器測波長，看到的波峰和棉酚結構對位置，但遭專家批評，這方法很有可能驗不出來。台北醫學大學家醫科主治醫師張葉森：「這個是一個最粗糙的檢驗方法，以前(大陸)大閘蟹剛剛出事的時候，也是用HPLC這個檢查，後來我們建議以後，改用比較精密的。」
翻出報告叢書，專家說明，棉酚其實有酚醛式等三種結構，還能相互轉化，等於檢驗標準品，一不小心就可能有漏洞。台北醫學大學家醫科主治醫師張葉森：「(沒有)三個結構都弄出來的話，你只對一個的話，另外兩個沒有檢驗出來，不表示沒有。」
根據經濟部統計，國內食用油脂去年產值288.52億元，今年預估也有291.14億元，表現平穩，但看看關務署資料，便宜的棉籽油渣餅，去年進口量竟然從150公斤，爆量到超過5000噸，這些油的流向去哪了？從沙拉油到芝麻油，添加棉籽油的風暴雪球越滾越大，之前大統沙拉油，也是自行調和，影響脂肪酸比例，才難以驗出棉籽油，現在棉籽油渣餅大批進口，業者如果自行精煉，品質更難保證，政府的檢驗效果顯得更重要。
