台南學甲88槍槍擊遲遲未破，影響台南市九合一大選，選後的風聲更衝擊此次議長選情，全案至今不僅學甲分局長蔡宗昌被調官，就連台南市警察局長方仰寧，都被點名該下台負責，方仰寧也回應，目前已經掌握此次犯罪組織的3個層級，依據證據行動，不會因政治因素影響辦案進度，方仰寧也強調，不會對職務戀棧，會勇於承擔所以責任。
方仰寧說，槍擊案發生後，警方很快就掌握犯嫌孔祥志，但是不為外人道的是，跟監過程中，為了讓孔祥志的蹤跡浮現，必須對其跟監搜索，直到確定他人間蒸發，便根據這一陣子跟監的證據，展開下一步行動。方仰寧指出，目前已知涉嫌槍擊的犯罪組織，有3個層級，分別為指揮層級、執行層級的槍手、幫助（逃亡）層級，目前執行層級已經釐清，檢察官也針對2嫌發布通緝，接下來要針對幫助、指揮層面，要有所行動。
案件遲遲未破，外界也點名身為分局長的方仰寧應該下台，方仰寧回應，針對個人職務毫不戀棧，國家給的職務勇於承擔，自己會繼續帶領專案小組警察團隊，對這塊土地有所責任，不會因外界壓力打亂辦案節奏，偵查有偵查必須的步驟，以證據為前提，未來的行動會跟外界做必要說明。
方仰寧也說「整個案件，包括電視名嘴、政論節目，說誰在槍擊案獲利，外界自有公評，我還是要負責任地以證據說話」。
他也再度強調，學甲分局長蔡宗昌的職務調整，並非外界所述的是因槍擊案未破被拔官，而是其領導統御不能再帶領學甲分局，同仁對他反彈，專案小組辦案仍得持續進行，相處的隔閡影響辦案，才會調整官位，還是主官階級。
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