總統大選驗票，各地紛紛出現總統票跟公投票，名冊錯置或票袋混放的情形，高院做出重大裁定，如果是整袋總統選票放錯，或名冊錯置，就必須再去找出公投名冊和票袋核對勘驗，但如果是總統票和公投票混放大選票袋，就不再查驗短少的總統票，也就是說，總統票如果是「混放」入公投票袋，直接扣掉不作計算，但大選票袋內的總統票，仍然有效。
開封驗票，卻發現裡面該有的總統票，一張不剩，全都變成公投票，怎麼辦？高院代理發言楊錫航：「一個袋子裡面，你是寫總統選票，一打開裡面都是公投票，那一定要找出這個票跑到哪裡去啊，要會同(藍綠)兩造去找，那兩造假如不會同的話，法院也本身一定要找出來勘驗。」
高院法官判斷，如果選票全部調包，顯然是選務人員收票的時候，錯放到公投票袋理面，這時候，法官要重開公投票匭，把選票找回來，不過如果打開票袋，發現裡面只有部分選票遺失，或是混雜公投票，不用再找，直接把這些票數刪除，只驗現有選票就好。
高院代理發言楊錫航：「部分的混雜的情形，那就是在週遭裡面，看看有沒這個混錯，沒有混錯就算了。」
公投票跟總統票混雜的問題，驗票過程不但國親提出，也有許多地方法院陸續回報、發問，高院法官是為了讓驗票工作順利進行，不要因為零星的放錯選票而停頓，作出這項重大決定。
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