艾莉颱風造成三重市三分之一大淹水，肇事原因各方說法不一。台北縣政府認為是台北市捷運局施工不當釀禍，但是國民黨的三重市長則認為這是天災；行政院長游錫堃聽完兩方簡報後，則指示水利署，務必查清楚責任歸屬，以免民眾誤會。
三重市大淹水是天災還是捷運施工釀禍？國民黨的三重市長跟民進黨的台北縣代理縣長，說法大相逕庭。
三重市長(國民黨) 李乾龍：「這是個天災我們實在是很難預料得到。」
台北縣代理縣長(民進黨) 林錫耀：「哪曉得一個捷運的施工的工地又造成這樣的災害。」
兩造說法不同，讓回台後直奔災區視察的行政院長游錫堃皺起了眉頭。行政院長游錫堃：「如果說其他的堤防沒有受到影響，是只有你這個地方出問題的話，就表示你這邊防堵的標準是比較低的，所以才會出這個問題(淹水)，不過我想是間接的因果關係，還是直接的因果關係，應該把他釐清，不然民眾會誤會。」
事關台北市捷運局，被捲入政治漩渦的馬英九也有話說。台北市長馬英九：「為什麼封水牆會破，什麼原因造成，這都可以調查，我們一向本著實事求是的態度，不推託責任不逃避責任，但是一定要把責任弄清楚。」
責任歸屬還有待釐清，當務之急則是要妥善安置上萬名受災戶；面對代理台北縣政以來的第一場危機，林錫耀整夜沒有闔眼，而老長官蘇貞昌，也在第一時間致電關心。
台北縣代理縣長(民進黨) 林錫耀：「蘇秘書長他就打電話關心，我了解災害原因跟目前搶救的情形，那我跟他報告之後，他覺得很滿意。」
三重水災，考驗林錫耀的危機處理能力，也讓他再度面對台北縣跟台北市的政治戰爭。
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