洗澡淋浴時常用的蓮蓬頭看似潔淨，但有日媒指出，實際上易積聚水垢、皮脂、黏液及肥皂浮渣，長時間未清潔恐導致細菌滋生，蓮蓬頭若未定期維護，沖出來的水質甚至可能比馬桶水更髒，對免疫力低下者尤其危險。為此，專家建議依據污垢種類與程度，提供6種適當方法進行日常與深層清潔。
對於清潔方法，專家建議，首先在洗澡前，可以先將蓮蓬頭水打開，讓水沖一分鐘後，再開始使用。接著洗完後，一樣讓水沖一分鐘，並用牙刷、海綿或乾淨抹布擦拭表面，維持清潔。
第三是每週建議以60度以上熱水沖洗五分鐘，達到消毒殺菌效果，因為一般洗澡通常只有40度左右，難以達到殺菌效果。第四是若已出現水垢或皮脂污漬時，可將蓮蓬頭浸泡於檸檬酸或白醋溶液中一小時，再以刷子輕刷，也可用牙籤將小水孔中的髒污清理出來，並用水徹底沖淨，建議至少每個月這樣清理一次。不過，不要使用含有糖的醋，要用無糖的白醋來清潔。
第5是當遇到蓮蓬頭表面出現黏液，可使用小蘇打粉或漂白劑清理。將小蘇打撒在蓮蓬頭上，以刷子輕輕擦洗後沖水。若為頑固黏液，使用稀釋漂白劑浸泡20分鐘，再徹底沖洗。最後是直接拆開蓮蓬頭清洗，當然務必參照說明書施作，且要將各部件浸泡於檸檬酸或小蘇打水中一小時，再以牙刷刷洗並晾乾後組裝。
《grape》表示，根據研究，細菌於塑膠蓮蓬頭上更易滋生，專家建議每年可更換一次蓮蓬頭。若居住於水質較硬的地區，因水垢堆積速度較快，則需更頻繁更換。
