康芮颱風影響了台灣與新加坡間的航班運行，多家航空公司的航班出現延誤、取消或改降他地的情況。新加坡航空SQ878班機原定上午10時26分從樟宜機場飛往台北，因天氣惡劣無法降落，於下午5時11分備降香港，飛行時間從原本的4小時05分鐘延長至7小時15分鐘之久。
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根據《聯合早報》報導，新加坡航空原定SQ878班機在31日上午11時40分起飛，但在昨（30）日宣布調整航班時間，改為上午9時40分出發，實際起飛時間再度推遲至10時10分。同航空公司的SQ876航班原訂8時10分起飛，延後至上午9時13分才離港。
中華航空的航班也受到颱風影響而延誤，CI754航班原定31日下午2時15分由新加坡飛往台北，推遲至傍晚6時17分起飛；CI758航班原訂當天傍晚6時10分出發，更延後至11月1日清晨5時30分才能啟航。
星宇航空JX772和長榮航空BR216航班雖然也有延誤情形，但抵達時間變化不大。至於由台北飛往新加坡的CI753、SQ877和SQ879航班，同樣出現不同程度的延誤或時間調整。
酷航則取消了31日3班經由台北中轉、往返新加坡和日本的航班。不過截至31日下午5時50分，11月1日的航班狀態都顯示正常，可望恢復正常營運。
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