台鐵公司化之後，代表員工不再享有公務人員的福利，申請今年1到6月的退離人數達到1085人，台鐵產業工會認為，台鐵徵才的速度太慢，而且也未說清楚公司化後的各項福利待遇，不免也會被拿來跟高鐵比較，補足人力恐怕會更有難度。
記者周祐萱：「根據台鐵公司的統計，截至去年12月底，員工申請今年1到6月的退離人數為1085人，面臨到人力短缺問題，台鐵該如何吸引人才，特別是在公司化之後台鐵所提出的各項福利，還有員工的薪資待遇，不免都會被拿來和高鐵比較。」
台鐵不是沒動作，今年第一波招募員工預計正取936名備取1328名，起薪最高4.2萬元，為的就是因應組織轉型，及人員退離所產生的缺額現況，也強調未來員工三節禮金，將會大幅提高祭出相關措施，就怕沒了過去的公務人員保障，會止不住人才流失。
台鐵產業工會秘書長朱智宇：「(離退人員)這些人其實很大一部分都是技術豐富的這個老員工了，所以對台鐵來說一定是很傷的，從去年原本就應該要去徵招的從業人員，他們是一路拖拖到一月初一月底的時候，他們才發簡章下來，那現在看這個報考率，確實也不若以往這個鐵路的特考的報考率，那我們工會這邊的猜測也是認為說是不是因為少了這個公務員的福利保障，以及現在其實還沒有公布，就是從業人員相關待遇是如何，那我覺得這個對於員工來講會非常重要。」
工會的擔憂不是沒有原因，入帳現金當然是員工最在乎的以往台鐵列在公務體系，依法固定發放1.5個月年終獎金但公司化後如果營運狀況不佳，恐怕連1.5個月都發不出來，相較之下高鐵從一開始就是公司模式經營，過去獲利穩定，雖然今年發放年終時，引發高鐵企業工會不滿但經過協商後最終發放3.8個月年終，台鐵是否也如此，就連能否維持過往1.5個月，都還是未知數，而績效獎金比一比，台鐵公司預估4.4個月，高鐵董事會決議提高個人績效獎金，平均約2.2個月基本薪，另外工會還爭取到，特定時間出勤激勵金。
陽明交大運輸與物流管理學系教授黃台生：「它(台鐵)這個文化要建立，要慢慢建立，也就是它的(台鐵)長官跟部屬，心態上就要知道我現在是公司了，我要有很明確的經營目標，我怎麼樣提升我的服務，怎麼樣控制我的成本，控制我的成本讓我有利潤可以永續，高鐵一開始就是承襲北捷過來的，裡面很多的人就是北捷去的，北捷一開始就是公司，然後基本上就是非常注重整個系統運作的可靠度，然後成本掌控。」
尤其原本可享有公務人員保險，專業加給、國民旅遊卡等多項福利，如今福利卻要變動，而且轉為公司機營模式，就得看營運的好壞，也可能會承擔裁員無薪假的風險，員工當然會思量去留，而專家認為從公務體系轉型，過渡期是必然的，只是工會認為配套提出的太慢，人力缺口得要盡快解決。
台鐵產業工會秘書長朱智宇：「而不是說你今天開了一個比高鐵還要低的待遇，然後希望大家都可以留下來，然後繼續為台鐵，用過去公務機關的那種犧牲奉獻的這個精神，來去講說員工我們就多多擔待，因為對於現在的這些員工來講，我已經為了這家公司留下來了。」
台鐵暨國土規劃學會暨公共政策委員鍾慧諭：「就回到跟其他的這種軌道公司是一樣的，那所以大家的薪資其實是會去比較的，所以它(台鐵)應該還是必須要有一個，大家可以接受的薪資水準，那再加上我覺得比較重要的是激勵機制，因為過去在公務單位裡面，就是最缺乏激勵機制。」
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