除了水上遊憩設施，也有不少人選擇乘坐玻璃船探索島嶼周邊海域，一窺水中的自然生態。
觀光業者水肺教練 潘明睿：「那你們知道海龜都吃什麼嗎 那邊有一隻 有一隻喔OKOK 牠在吃什麼 牠在吃什麼 海藻 吃海藻 還有呢」
觀光業者水肺教練 潘明睿：「牠視力不好，牠就會以為(塑膠)那是水母，所以牠就會不小心吃到，那吃到假水母那會怎麼樣，所以我們在地上可以的話，我們就盡量少用塑膠袋。」
小琉球珊瑚礁海蝕溝地形分布沿岸600公尺，具有獨一無二海底景致，島嶼周圍海龜密集度高，但是因船隻進出而受傷的狀況不斷發生，加上水上活動盛行，所以有業者在船隻上，加裝「螺旋槳保護罩」，讓海龜受傷的頻率不再惡化。
觀光業者水肺教練 潘明睿：「希望大家可以真的從接觸到海，然後接觸到海龜，然後接觸到這些海洋生物，然後回去反思自己到底，應該要怎麼樣來做保育。」
從潛店業者、再到玻璃船探索，在島上的店家，已經開始自動自發成為永續倡議者，尤其周圍海域浮潛活動，更不能干擾水中生物。
公民科學家 京太郎：「特別是說在水下拍攝的這一塊，那我們覺得是盡量的不要去做太侵略性的拍攝，因為其實牠們像海龜，牠們是滿容易受到驚嚇的，並不是沒有碰到就沒事了。」
在透明玻璃片上，塗上藍色顏料，畫上湛藍海洋、還有加入魚跟海龜代表圖案。
木盒裡有圓形、不規則的玻璃片，有的已經塗料上色、有的則是呈現原有色澤，其實這些都是遺落在海灘上的垃圾，經過海水不斷沖刷，早已被磨到沒有稜角。
小琉球在地藝術家 林佩瑜：「撿到的時候我沒有去磨它，它就是這樣的，就是霧面，然後沒有銳角不會割人了。」
佩瑜是小琉球在地藝術家，除了在學校教課，也利用課餘時間，用藝術創作，設計出獨一無二的海灘幣，成為推廣淨灘活動的獎勵品。
記者 劉俐均：「在小琉球有很多推廣永續旅遊的活動，淨灘就是其中一種，而且淨灘完之後，還可以獲得像這樣子的海灘幣，而這個獨一無二的海灘幣，還可以來消費，像是這家冰店有配合海灘幣的活動，就可以來購買。」
記者 劉俐均vs. 冰店老闆 林雅馨：「老闆 你們有在收海灘幣嗎，有啊 你有收到嗎 這個。」
放入冰磚，削出一片片雪花冰，再加入新鮮芒果，酸甜滋味最消暑，而這一碗冰，就可以使用海灘幣兌換。
目前有加入海灘貨幣的民宿、商店大約100多家，但流通的比例還不高，主要就是海灘幣的造型、圖案太特別，成了遊客的私藏，反而沒有達到循環作用。
小琉球冰店老闆 林雅馨：「那捨不得花的部分，當然對我來講 我很隨緣，就是這個有多辛苦你多珍貴想留著，我絕對知道，但是如果你要拿來換，那我就讓你選擇你要的，因為我覺得你已經幫小琉球這塊土地，做了你能力可以做的事情。」
除了要把海灘幣循環率提高，要推低碳足跡，也有環保便當盒租借，交通工具改為電動車，把塑膠、廢棄排放降低。才能因應小琉球6到9月的旅遊旺季，遊客湧入島上環境負載量。
以六月來看，小琉球的登島人數，2021年有14208人次，2022年攀升到74729人次，而到了2023年，更一口氣增加到11萬多人，這幾年小琉球的旅遊人次明顯成長，但人多自然而然垃圾也跟著多，對環境的衝擊開始增加。更有不少人喊出總量管制和登島收費。
屏東縣琉球鄉觀光發展協會理事長 許博翰：「遊客量沒有那麼多的時候，人民的素養生活的水平不高，在早期的傷害其實是對現在來講，還要更嚴峻，但這個是大家比較看不到的，大家會看到人流，然後其實大家沒有看到行為，對於海洋永續的那個觀念，其實也深根蒂固的再加強，那關鍵就是在於業者跟居民，改變他的遊戲行為跟遊憩方式的時候，甚至他在這趟行程當中，他不會製造出任何一點垃圾，那我們就會去思考，小琉球到底是一個好的示範點，還是真的因為人流去影響到生態的地方。」
潮間帶導覽員：「所以之前沒有這個規劃導覽線，中山大學幫我們調查出來，死的海膽第一名是誰，馬糞海膽。」
小琉球之所以吸引這麼多遊客，就是擁有豐富的生態，尤其潮間帶生物的多樣性，包含海參、海膽，都是自然界的教科書，不過遊客一多踩踏就多，也讓潮間帶的生物棲地破壞，數量開始減少。
記者 劉俐均：「在小琉球有三處的潮間帶管制區，像是這邊除了有人數總量限制之外，可以看到裡面這邊有拉起了兩條的繩索，主要就是要限制進來這裡的遊客，不能跨越這個警戒的範圍，避免破壞的生態會越來越擴大，而另外像是在這邊，有很多像是死掉的珊瑚礁，也千萬不能帶出去。」
從2022年開始，將杉福，肚仔坪、漁埕尾三個潮間帶列為管制區，同時段進入從500降到300人，更預計從2024年4月開始收取觀光保育費，初估一年可以帶來千萬收入，來作為設施維護、生態調查、復育的專款，成為第一個收觀光費離島鄉鎮。
屏東縣琉球鄉觀光發展協會理事長 許博翰：「其實我們早期在推潮間帶保育的時候，潮間帶其實會有一個休養期，11月到3月的休養期，公部門看到這樣的管理計畫，來進行人流的管制跟管理，設管制站劃分自然人文景觀區，然後用這樣的方式，單點的人流量就會控制在300個人以內，那這個其實一直在修正，一直在修正，因為每一次的那個人流量的傷害程度，每一年都在做調整，那生態跟觀光本來它就是一個會有會有衝突的，但是我們只能用這樣子去，滾動式調整的方式，創造成對生態最友善的觀光遊憩行為。」
觀光跟保育站在天秤兩端，要不要控管島上人流，兩派持續拉扯，不過從業者到政府，乃至於遊客，都得要落實環保永續理念，小琉球不塑島的願景，才可能真正實現。
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