兩岸恢復對飛航班，至今開放10個定期航點，但中國大陸東方航空，南京飛高雄，被指出從台灣東北角上空，由北到南，穿越整個台灣西部陸地，引發討論是否危及國安，對此民航局解釋，這是既有航路，但前空軍副司令提醒，雖然日、韓等國也這樣飛，但難保大陸不會藉由民航機，來做軍事偵查手段，得通盤研議。
前民航機師于皓瑋：「W4航路它左右寬大概五海浬，沒有國安的因素，它是一個正常的，倒不是說因為經過通過上面，那你說它會不會通過總統府它不會，因為總統府上面上空是禁航區，它通過的話航管叫它它沒有理，那如果說再不理的話，地面的高砲跟飛彈部隊就把它擊落。」
前空軍副司令張延廷：「那它如果是有一些軍事手段，它有這方面企圖的話，它在民航機下面，如果掛了一個戰術偵查相機，整個從北台灣到南台灣，整個就掃過一遍，如果它有這方面的企圖，或這方面的打算的話，那這樣的話我們會防不勝防。」
兩岸定期航班陸續恢復，目前廣州深圳重慶南京杭州，福州青島武漢寧波鄭州，共10航點每週209班，專家提醒雖然航線沒問題，但還是得防範中國大陸，包括國防部空軍司令部，民航局和國安單位，都要共同考量避免危及國安。
