九合一大選落幕，民進黨在台北市推出的候選人陳時中落敗，而選前各種發言也被認為不只是替陳時中擋箭，甚至有前綠委批評薛瑞元「比豬隊友還豬」，是不是反而干擾到這次選舉，對薛瑞元僅表示，自己不會回答這問題，但要負政治責任不會迴避。他還稱，政務官對自己政策辯護以及支持自己黨籍候選人是天經地義。
九合一大選前夕，衛福部長薛瑞元提出「掮客說」稱民進黨台北市長候選人陳時中仇恨值高，是來自擋了疫苗的掮客，但沒說到底是誰，引起朝野不滿。加上選舉結果民進黨大敗，陳時中也落選，現在外界開始檢討到底誰是扯後腿的豬隊友、找戰犯。
衛福部長薛瑞元今（28）日出席立法院第10屆第6會期社會福利及衛生環境委員會第14次全體委員會議時，會前媒體詢問薛瑞元，認為自己是否有干擾這次選舉，薛瑞元表示「這是各自解讀，我不會自己回答這問題不會自己辯護什麼的，但如果要我負政治責任絕對不會迴避。」
至於薛瑞元身為衛福部長，選舉期間頻頻為陳時中站台、力挺，是否行政不中立，被抓是戰犯？薛瑞元則表示「沒有行政不中立，政務官對自己政策辯護以及支持自己黨籍候選人是天經地義。」
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