國產疫苗高端交貨時間有多起都逾期履約30天以上，但衛福部疾管署卻未依約扣罰2%違約金，而是等到審計部查核才向高端扣罰，對此疫苗小組召集人李秉穎表示，政府沒有包庇高端的必要，其中應該是有所疏忽造成，至於疫苗延遲交貨是國內外疫苗藥廠都會發生的事情。另外還有無法如期交貨的500萬劑聯亞疫苗，已經撥付的契約價金共7.5億元是否需要繳回?衛福部回應已經成立小組調查。
衛福部ACIP召集人李秉穎：「因為需要負責的是政府官員，政府官員本身不會有什麼好處，沒有任何理由去包庇任何一個國內廠商，我想可能是其中有一些疏忽。」
衛福部ACIP召集人李秉穎：「比如說全世界在搶某種疫苗，或是某個疫苗製造線突然斷線，造不出疫苗幾乎所有疫苗廠跟台灣的合約裡面，它都曾經發生過(遲交)。」
另外同樣採購500萬劑的聯亞疫苗，原本疾管署在年6月9日，撥付第一期.第二期契約價金共7.5億元，但聯亞未在約定時間內取得製造核可，因此在今年1月19日終止採購契約這筆錢究竟需不需要還回來？衛福部回應已成立審查委員會委員7人審查聯亞公司提交已盡商業上最大努力，無法履約的證明文件，評估是否需要追償已支付之契約價金及返還履約保證金。
