邊境10月13日將大幅度放寬，讓指揮中心是否裁撤備受關注，國民黨立委賴士葆批評，指揮中心僅剩下報數功能，只要將疫情降為第四級，指揮中心就可以撤了，若不裁撤會變成民進黨台北市長參選人陳時中的第二競選總部；對此，衛福部長薛瑞元今（1)日出席記者會時回應，疫情如急迫性不大就可以降級，但裁撤茲事體大得好好考慮；至於（指揮中心）會變成陳時中第二競選總部？薛則說：「又有人在做夢了。」
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賴士葆批評，入境免居隔等於管制都沒了，指揮中心只剩下報數功能，數字也不準，如今指揮中心錢很多，若還不願意放，就是要成為陳時中的小弟，變成競選台北市長另類的第二競選總部。對此，薛瑞元回應，指揮中心是否裁撤要看實際疫情發展，這決定會是在行政院，我們考慮的是指揮中心成立後，相關指引以及藥品、疫苗和快篩的緊急使用授權都是，和指揮中心存在掛在一起，所以後面還有很多事情要做，但如急迫性不大就可以降級，但裁撤茲事體大，要好好考慮，「至於會變成陳時中第二競選總部，又有人在做夢了。」
另外，針對觀光團入境指引，其中規定如出團旅遊確診，須在國外待7天才能返國，但國外登機返台已免出示PCR陰性證明，入境機場也免PCR，形同無把關機制，就有人憂心染疫後會刻意隱匿；對此，薛瑞元說，現在沒有規定登機前提供陰性PCR，國外是否染疫且隔7天這難以查證，但返台會用快篩進行篩檢，重點還是返台時有沒有符合條件且仍要遵守防疫規範。
此外針對入境後染疫就醫費用部分，薛瑞元也說，過去疫情前，來台觀光外國人到台灣期間有就醫需求時，就必須要自行負擔醫療費用，這是常態情況，今年10月13日開始放寬邊境管制成0＋7，當然會有許多人來台，但外國籍觀光客不會這麼快來，一開始可能都還是國人要從國外返台，國人從海外進來染疫和國內染疫的國人，不宜有差別待遇，所以一開始還是公費處理，但如後續到一個程度，國外觀光客成為主流時，政策上也許就會進行調整。
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