隨著邊境即將解封，中央疫情指揮中心該不該解編也成為關注焦點，指揮官王必勝認為要等到疫情穩定後，只是防疫政策牽動選舉，台北市長參選人陳時中就說指揮中心會安排，蔣萬安則回應，這需要依法並專業判斷。
疫情以來，航空業很慘淡，星宇航空董事長張國煒，接待來訪的民進黨台北市長參選人陳時中，一吐心聲，好在國門即將大開，但隨之而來的是，中央疫情指揮中心，該不該解散。
台北市長參選人(民)陳時中：「我想他那個會做他們的安排。」
國民黨參選人蔣萬安，跟陳時中都沒給答案，不過指揮中心研判，一旦新冠肺炎流感化，改為監測重症，就是疫情的最後階段，因此指揮中心什麼時候解編。
中央疫情指揮中心指揮官王必勝：「我們疫情要達到非常穩定的地步，能夠趨近於流感化，另外就是說很多事情都用常規常態，就可以去處理，到那個時間點自然就會去做這個解散。」
現在還不到解散的時候，指揮中心的角色持續，專家認為，指揮中心只要存在一天，就代表台灣的防疫，還是緊縮，執政黨政策，當然環環相扣著自家參選人。
中華民國防疫學會理事長王任賢：「當然它在緊縮的過程當中，就有點在幫陳時中助選的味道，所以他(陳時中)當初走掉的時候，他沒有把它一起關掉就是為了這個原因，我想助選這個味道是相當濃厚。」
兩年多來，扮演最重要角色，指揮中心何時卸下任務，恐怕不能單憑疫情來決定。
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