大學個人申請入學二階甄試在19日陸續開始，預計6月6日是放榜，不過受到疫情影響，如果考生是居家隔離、居家檢疫或自主健康管理，當時二階段面試不能參加改採書面審理，不過有考生因為被匡列，無法參加面試要補隔離證明時，卻發現指揮中心系統出問題，資料全部消失，也讓他擔心權益受影響，對此教育部回應，學生可以「先行簽立切結書，並於事後補件」。
有考生投訴媒體，表示因為先前家人確診被匡列，沒辦法二階面試，日後要補隔離證明改為書面審查，但是因為指揮中心優化系統出問題，導致接觸者資料全部消失，而且可能還撈不回來。教育部表示，若考生因地方衛政單位作業、或遇有資料遺漏、數位證明查無資料等情事，致需延遲提交相關證明文件者，各大學學系均會同意由考生先行簽立切結書，並於事後補件方式，給予彈性；亦請於收到相關證明文件(含COVID-19數位證明)時，交付學系完成資料補正作業，以保障自身權益。
除了簽切結書，教育部也表示配合中央流行疫情指揮中心於111年5月25日公告民眾可透過健保快易通APP申請COVID-19數位證明(含接觸者隔離證明)等資訊，教育部亦於111年5月26日通知各大學可採認個案考生數位證明取代紙本證明文件。而目前亦有多位考生先切結適用防疫應變機制，事後也順利完成補件作業。但因大學招生係涉及整體應試公平性，個案考生後續仍應提交相關證明文件，交付大學據以認定，否則仍須依招生簡章規定視為面試缺考。
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