第13期開放18歲以上打BNT第二劑，不過12到17歲的青少年施打也已經滿4周卻沒被納入，指揮中心表示還要再討論，考量的有三大因素，感染後的重症風險、不良反應以及未來病毒的高傳染力，尤其不少家長都擔心引發心肌炎，國內專家參考國外報告，心肌炎有八成都是輕症，重症的機率非常低，綜合評估下，還是傾向打滿兩劑，但最終還是要由指揮中心決定。
專家綜觀三大因素，感染後的重症風險、不良反應、未來病毒的高傳染力，其中最引發關注的就是第二劑心肌炎的機率，尤其國內一名女學生打完BNT後心肌炎，甚至還裝上葉克膜治療，副作用讓家長開始猶豫到底小孩要不要完整接種。
ACIP委員還是傾向青少年打滿2劑，但英國、挪威都建議只要一劑，甚至香港正式宣布，12到17歲打一劑即可，這讓指揮中心得更謹慎評估，校園接種率第一劑達到88.7%，決定先觀察成人施打第二劑的情形，同時發放意願調查書，讓家長自行評估，莊人祥透露最快也要等到12月，青少年才會安排打第二劑。
台大兒醫院長黃立民：「如果他的第一劑的副作用，是一些全身的不舒服或者局部紅腫，全身的痠痛頭痛，這一些其實第二針還是可以打的。」
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