陽明交通大學合併之前就為了校名意見不合，這回又為了一本新生手冊隔空交火！陽明校區學生會，為了排版強調校區不同，特別把交通2個字縮小，不過這個動作看在新竹校區的學生眼裡，直覺就是被矮化、不尊重，對此，學生會緊急道歉說會深刻檢討，至於剛入學的新生也幫忙緩頰。
陽明交通大學新竹校區研究生，如果在對外宣傳的這些手冊上面，有把交大刻意縮小的狀態，我覺得其實對我們交大來說，會覺得有點刻意矮化，或者是不被尊重的感覺吧！
明明兩校今年二月才正式合併，但還沒過完蜜月期，校名問題再度引發爭議。
陽明交通大學台北陽明校區新生：「不要吵架，我們都是同一個學校的。」
陽明交通大學台北陽明校區新生：「其實我沒有非常在意啦，我覺得他們的用意本來就是，可能要分陽明跟交通2邊的校區。」
確實都是一家人，沒必要隔空交火。
陽明校區學生會也發出道歉聲明，澄清新生手冊的排版，是為了凸顯陽明校區，才做出將交通兩字縮小設計，絕對沒有矮化的惡意，更不認同戰校區行為，已經緊急修正新版本。
雖然言者無意，但聽者有心，而且這手冊畢竟是要給新生看的，也讓人擔心如果一再出現這樣的狀況，會不會影響價值觀偏差。
兩個校區之間，還是必須取得平衡，否則一個出包，後續負面影響，恐怕又繼續鬧出對立。
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