太魯閣事件之後，台鐵改革備受關注，現任逢甲大學學者鍾慧諭表示，台鐵花了太多錢在鐵路高架化上面，成本高又缺乏效率，建議將經費轉作台鐵車站及周邊土地的重建經費。另外台鐵真的要改革，公司化會是一個關鍵，歷任交通部長都沒有完成這項任務，現在改革之路勢在必行，也考驗政當局政府的智慧。
逢甲大學智慧運輸物流創新副主任鍾慧諭：「這麼貴的建設下去，你有對台鐵的效率有改善嗎，而且你是把它效率變差的，不管是速度容量都變差了，但這麼貴的建設，我們全部都投入在鋼筋混凝土上面，假如說我不要投入在鋼筋混凝土上面，你可不可以改善台鐵的安全設施。」
交通部次長祁文中於報告時提到，台鐵是大眾運輸事業，本業很難取得損益平衡，僵化的票價更成了難以改善的關鍵，前台北市交通局長鍾慧諭點出，台鐵遭到錯誤的政治對待已久，前瞻計畫經費大多投入鐵路高架化，降低了台鐵的運輸能力，使速度變慢、鐵路容量下降，到目前為止台北、台中、高雄的鐵路投入3093億，營運成本反增了兩倍以上。
鍾慧諭建議台鐵，和基礎建設相比，現階段應該低效能又高花費的鐵路高架化建設，將相關費用轉作台鐵車站及，周邊土地的重建經費，銘傳大學都市規劃防災教授馬士元表示，希望工會能放手，讓台鐵轉型為國營鐵路公司，否則普悠瑪與太魯閣出軌意外將白白犧牲67條人命。
銘傳大學都市規劃防災教授馬士元：「台鐵光是一個物料管理系統弄了十三年，你這個組織不去改，這種整個組織的效率不去改，你讓它在去做邊坡管理系統，又再一個十三年，比如說我們講不要說是一個民營的公司，就算你是一個國營的公司，你一個系統做十三年，大家大概都沒辦法忍受，這個該走路的該開除的大概都開除了，你背後要搭配到你整個組織營運的改變，不然你給它再好的科技，給他再多的預算都沒有用。」
台鐵公司化這五個字，成了改革重要關鍵，歷屆交通部長，從毛治國到現任交通部長林佳龍，都想改革，但該怎麼進行是條漫長的路。
前交通部長葉匡時：「公司化這個東西對台鐵來講，其實是個很挑戰的工作，長遠來講我個人也是贊成，台鐵應該要公司化，因為這樣給台鐵更多的彈性更多的效率，在人事運用上也會比較靈活一點，但是如果要公司化，首先要解決的就是台鐵的債務，高達幾千億的債務要怎麼處理。」
呼應學者說法葉匡時表示，問題核心，首先是工會壓力，毛治國擔任交通部長任內，曾成立「台鐵體質改善小組」推動資產活化，就是擔心台鐵內部反彈，只講企業化，不談「公司化」，追根究柢無法推動的主要原因，選票壓力佔很大因素，改革過程需要很多協調。
台鐵改革之路漫長遙遠，但這條路在勢在必行，如何在安全至上以及考量各方需求的情況，讓台鐵改頭換面，考驗著當局者的智慧。
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